围绕菌素医治牛皮癣的用量低于移植抗排挤反应的医治，所以其不良反应也相对少见。不良反应的产生与医治剂量呈正相干，停药后可以恢复。主要的不良反应以下。
(1)高血压 医治进程中常见的不良反应之一，发生率比较高，一般在减少用药量后血压便可下落，必要时服用降压药，高血压可产生在医治数周、数月或1年后，所以服用环孢菌素的患者应在停药后坚持长时间视察血压变化情况。
(2)肾功能受损 停服或减少用药剂量可恢复正常，极少出现严重慢性肾功能衰竭。
(3)肝功能异常 长时间饮酒或曾服用甲氨蝶呤的病人易出现肝脏受损的不良反应，一般症状都比较轻微，停药后便可恢复。
(4)其他反应可出现头痛、关节痛、疲倦、乏力、恶心、呕吐、牙龈肿痛、多毛等症状。出现上述不良反应一般都不必停药。服药期间尽可能避免同时运用下降环孢菌素活性的药物和容易出现肾损伤的药物，如链霉素、卡那霉素、庆大霉素等。
运用环孢菌素医治前应严格掌握适应证，做必要的体检和实验室检查，有高血压或肾病者应忌用或慎用。医治开始后，要定期随访，及时调剂药物。